Olá, a ball só fica com o ícone na bag porque o sistema de ícone trabalha quando pega Pokémon do slot (bag), ou seja, ele pega pokeball com Pokémon dentro da mochila e transforma em ícone ball. Essa maneira é trabalhada por questão de segurança in-game, pois se algum player dividir house, ou jogar a ball no chão (caso empreste para alguém ou queira mostrar) fica ocultado o pokémon que é, claro que se der look vai saber, mas é mais seguro do que a pessoa olhar e saber diretamente o pokémon que está no chão.
Mas qual base você usa? Geralmente o arquivo de ícone fica em Data/Lib.