se vc não tiver problemas com backup (se seu servidor já não tiver alguns jogadores, level etc q vc queira manter) vai ser mto simples...
verifique se junto com os arquivos do seu servidor, veio um arquivo chamado xvx.sql
[AVISO O NOME DO ARQUIVO PODE VARIAR CONFORME A DISTRIBUIÇÃO]
se vc já instalou o xampp, basta abrir seu servidor e procurar a seção de phpMyAdmin (administração de bases mySQL)
(estou assumindo que, como vc mesmo disse, você já tenha lido os manuais e documentação, então vou me ater apenas à configuração mysql)
após criar e selecionar um novo banco de dados utilizando o phpMyAdmin, clique no segundo botãozinho da esquerda escrito SQL, na janela q abre, clique em Enviar arquivo, e localize o arquivo citado acima (xvx.sql)
execute, possivelmente não ocorrerá nenhum erro.
no config.lua, mude as opções [sqltype] para "mysql", [sqlpass] para a senha configurada, e [sqldatabase] para o nome do banco q vc criou utilizando o MyAdmin
está tudo pronto... ja pode utilizar seu servidor com mySQL.
percebi q vc tem uma dúvida quanto ao uso do arquivo s3db
funciona assim, este arquivo contém uma base codificada sqlite... o mysql trabalha de maneira diferente, ele é um servidor mais robusto, necessita de instalação, configuração (por isso o uso do xampp), portas de escuta, é um serviço que se inicia com o sistema... nada disso existe no sqlite... após configurar seu servidor para mysql, esta base s3db pode ser excluída tranquilamente...