justamente isso que o skydangerous falou, pra fazer isso daria um trabalho danado mas tem como:
você vai tirar o auto incremental da chave primária de cada tabela, e fazer uma query para aumentar TODOS os valores dessa chave em X, onde X é o valor mais alto da tabela do outro servidor
depois em todas as tabelas que usarem essa chave, você faz a mesma query para que sejam equivalentes novamente os dados
ai você faz isso com todas as chaves em todas as tabelas
por final ja é seguro unir uma com a outra. por dúvida, crie um banco separado para testar, e as tabelas tem que ter a mesma estrutura.