Bem, o nome ja diz tudo, mas pra nao deixar duvidas:

A função muda 2 letras de lugar, exemplo:

str = "Matheus"

result = letterReplace(str, 1, 5)

no caso result = eathMus

function letterReplace(str, place1, place2)
   a = place1 > place2 and place2 or place1
   b = place2 < place1 and place1 or place2
   return a ~= b and str:sub(1, a-1) .. str:sub(b, b) .. str:sub(a+1, b-1) .. str:sub(a, a) .. str:sub(b+1) or str
end

Com um aprofundamento em 'loops' você poderia mudar mais letras do que a atual.

Bom script Simples e eficiente.